此后，两军官开始大肆斩杀，在到达南京城外的紫金山时，野田毅斩杀了105人，而向井敏明斩杀了106人。由于不能确定谁最先杀到100人，比赛重新开始。
此外在攻破南京城之后，第16师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中国军队的退路。
当第三十三、第三十八联队进至下关时，长江边有大批准备渡江的中国军人，江面上也有许多正在渡江的中国军人。日军立即用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。在长江边等待渡江的中国军人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中国军人加以集体屠杀。
而南京沦陷后，第十六师团根据事先制定好的计划，对南京城内及城外东郊地区进行“扫荡”。在“扫荡”过程中，第十六师团俘获了许多放下武器的中国军人。对于俘虏，日军的处理办法就是全部杀死。在这个过程中仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一名中队长处理了约1300人。在仙鹤门附近集结的约有七八千人。
此外日军占领南京后，华中方面军以第十六师团步兵第三十旅团为南京警备部队，佐佐木到一担任警备司令。所谓“警备”，实际上就是搜捕放下武器，在国际安全区避难的中国士兵。
第十六师团在“扫荡”残敌过程中，在国际安全区进行所谓的甄别搜捕，将头上有帽痕，手上有老茧的青壮年男子从难民中强行拉走，予以集体屠杀，其中许多人是普通的平民。在搜捕中国士兵的过程中，一些毫无军纪可言的日军官兵还大肆强/奸妇女、抢劫财物。
如果说把第六师团称之为野兽师团的话，那么第16师团堪称野兽之王，后来周卫国听说这个师团被调回了华北，一直就想着找个机会好好教训一下这只野兽，当一回驯兽师，却不曾想这么快就对上了。
既然对上了，那就干吧，我以我血荐轩辕，即便是死也要多拉几个小鬼子垫背！
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